考察《史记》引用儒家经典，多有补其缺者。例如《尚书·高宗肜日》“高宗肜日，越有雊雉”句。此句经文未言高宗为何人，亦未明肜日为何祭。司马迁释作“帝武丁祭成汤，明日，有雉登鼎耳而雊”[44]。司马迁释高宗为武丁，引自《尚书大传》[45]。其谓商之肜祭乃祭祀次日之再祭，可能出自《尔雅》等文献。《尔雅·释天》曰：“绎，又祭也，周曰祭，商曰肜，夏曰复胙。”《尔雅》以为，商之肜祭与夏之“复胙”、周之“绎”是同一类祭祀。《春秋》宣公八年曰：“辛巳，有事于太庙……壬午，犹绎。”《公羊传》云：“绎者何？祭之明日也。”《穀梁传》曰：“绎者，祭之旦日之享宾。”司马迁解释“肜日”，可能综合今文诸家之说。
关于司马迁引《尚书》今古文问题，前贤已有深入的分析。清儒臧琳云：“《史记》载《尚书》今文为多，间存古文义。”[46]段玉裁、陈寿祺等家说大抵与臧氏同。司马迁引经确实与汉代经师大有不同，他非专主一家一师之说，而是博采众家之言。如上引《尚书大传》在释雉鸣事后，接着说：“（野鸟）今升鼎者，欲为用也。远方将有来朝者乎？故武丁内反诸己，以思先王之道。三年，编发重译来朝者六国。孔子曰：‘吾于《高宗肜日》，见德之报之疾也’。”《史记·殷本纪》释雉鸣事，尽删《大传》所谓“来朝者六国”及孔子语，云：“武丁惧，祖己曰：‘王勿忧，先修政事’”，“祖己嘉武丁以祥雉为德”。司马迁为什么不取《大传》说？这可能与《大传》所云于史无证有关。据《汉书·五行志》和王充《论衡·异虚篇》所载，汉人释雉鸣之事颇有争议。刘向、刘歆父子的看法就不一致。刘向以为凶兆，云：“野鸟自外来，入为宗庙器主，是继嗣将易也”，“野鸟居鼎耳，小人将居公位，败宗庙之祀”，“野鸟入庙，败亡之异也”。[47]其子歆则以雉鸣为吉兆。然而，他们均未载“六国来朝者”等事及孔子语。刘向、刘歆父子之言，可能是有来源的，至少刘歆与今文家说有相同之处，以雉鸣为吉兆，尽管在具体的解释上有所不同。对司马迁的解释，清人皮锡瑞亦以为吉兆。[48]我认为，司马迁的解释并未言明凶兆或吉兆，他只是将雉鸣释为异象，以明劝王修德之理由。（《封禅书》载此事及《殷本纪》载“桑穀共生”事同）上引司马迁语“祖己嘉武丁以祥雉为德”之“祥”，是一个中性词，作善亦可作恶，不附具体事实，一般表示异象或兆头。此类解释多见于《左传》。《左传》昭公十八年：“将有大祥。”孔颖达疏：“祥者，善恶之证”，“祥，有恶有善”。《左传》僖公十六年：“周内史叔兴聘于宋，宋襄公问焉（按指宋国发生陨石落，六鹢退飞事），曰：‘是何祥也？凶吉焉在？’对曰：‘今兹多大丧，明年齐有乱，君将得诸侯而不终。’”叔兴所言之事，是得到应验的。《左传》记载有关天变异象之事，采取了无证不信的态度，这是《左传》思想的一个重要特点。[49]司马迁释雉鸣事，正是继承了先秦史家这种无证不信的撰史精神。值得注意的是，司马迁博采众说以补经文之缺佚，与上述采用经文互证方法解释经文有很大的不同。因为，在此类“拾遗补艺”中，今文等家说之所以被采纳，其说与经文之间的联系之所以能被确定，是出于司马迁对经文和经说所作的综合考虑。换言之，对“六艺”异传说之真实性作出判断所依据的标准已经不是经文，而是司马迁自己的历史思维。