与郑芝龙一直表现出来的不愿意，或者是推诿不同，郑成功一直对于反清复明是积极的。所以隆武皇帝对于郑成功一直都是非常喜欢的，隆武皇帝不但将郑成功赐国姓朱，还给郑成功加官进爵。
只是一切的发展都是不利于郑成功的，三省王爵足以让郑芝龙这个只要有荣华富贵的人安心，但是郑成功却不是这样认为的。隆武皇帝并没有比弘光皇帝幸运多少，在短短一年的时间里，隆武皇帝也被清军围剿。郑成功只能逃亡他处，从清顺治皇帝三年开始，到顺治十八年，因为对于女真人“留发不留头”剃头令的不满。越来越多的人，加入了反清复明的斗争之中。
而郑成功就是其中最为厉害的一只队伍，多年里郑成功一直在江南，尤其是在福建的金门多地活动，顺治皇帝年间郑成功一直没有放弃与清朝之间的对抗。直到顺治十八年，郑成功听从了谋士的建议，以台湾为据点，这样才有一个后方粮源之地。
也是因为郑成功收复了被荷兰人侵占了三十多年的台湾，所以郑成功之子郑经才有了后来，十多年继续抗清的根本所在。
平定三藩中，郑氏一族乘机在沿海的福安，金门等多地出兵，一度的占领了泉州等地。当初耿精忠叛变后，便一度的以书信联络郑经，希望郑经能够出兵攻占福建。后来耿精忠与郑经之间的合作，一直分分合合。耿精忠一度的认为郑经兵力太少，难成大器。这个时候两支队伍的矛盾，越演越烈。反倒是后来康熙皇帝得到了消息。