由于制造局北军依托防御工事，顽强抵抗，并得到了海军的炮火支援，讨袁军经多日进攻，伤亡累累、士气瓦解。至7月26日，陈其美不得不转往吴淞，做退守的准备。
不久后讨袁宣告失败，但陈其美仍在租界内潜伏坚持，处理善后事宜。直到10月1日，陈其美才应孙中山的召唤前往日本，筹备组建中华革命党事宜。
五、孙中山的左右手
由于讨袁失败，孙中山在1913年8月9日被迫流亡到日本，在那里孙中山有很多支持者，并能够给他提供一些强有力的帮助。如刚卸任不久的日本内阁文化相、宪政改进党首领犬养毅，玄洋社首领头山满，还有他的日本友人宫崎寅藏等人。不久，国民党骨干黄兴、胡汉民、柏文蔚、李烈钧、谭人凤、纽永建、戴天仇、李平书、沈缦云等人，也相继流亡到东京。至1913军年底，流亡日本的国民党人已达千人。
孙中山等流亡者在日本过着灰暗而艰苦的生活，他们这批缔造民国的共和英雄，反过来成为“民国”所通缉的罪犯，内心实在痛苦莫名。
