有一次，韦昌辉的哥哥与杨秀清的妾兄争夺住宅，杨秀清徇私枉法，袒护妾兄，要杀韦昌辉的哥哥，又要韦昌辉自己给哥哥定罪。韦昌辉心中对杨秀清的做法极为愤恨，但表面上仍是迎合杨秀清，甚至扬言要给自己的哥哥处以五马分尸的酷刑，并说只有这样做，才能起到警示的作用，实际上他暗地里却寻找机会报仇。
韦昌辉派人到天京禀报天王洪秀全，洪秀全乘机向韦昌辉发出密诰，说自己受东王逼迫，危在旦夕，让韦昌辉来京救驾。韦昌辉接到密诰，立即与秦日纲回京诛杨。秦日纲平日对杨秀清也极为不满，便随韦昌辉深夜回到天京，封锁天京的交通要道，包围了东王府。杨秀清当时本已睡觉，突然听到外面的打斗声，吓得赶紧躲起来，最后被找到并捆了带走。韦昌辉冲进东王府，将杨秀清和他的全家老小全都杀死，杨秀清的许多部下也都被杀害。一想到自己的亲哥哥被杨秀清五马分尸，韦昌辉就愤怒无比，连夜押杨秀清去天王府见洪秀全。
但洪秀全听说韦昌辉的所作所为，心想这又是一个心狠手辣的家伙，要是把他扶正到杨秀清的地位，恐怕以后也是专横难制，于是便想赦免杨秀清，以便自己从中操控。韦昌辉见洪秀全出尔反尔，十分愤怒，立刻让人杀了杨秀清。洪秀全知道此事后，下诏说韦昌辉不应该滥杀无辜；韦昌辉这才发现自己是被洪秀全当枪使了，郁闷至极。由于得不到天王的支持，韦昌辉担心杨秀清的余党会报复，设了一个计谋，声称投诚可以赦免一死。受此大变，杨秀清的余党群龙无首，其部下诚惶诚恐，前去投诚，结果被韦昌辉的精兵一网打尽，杀得遍地流血。随后，韦昌辉下令关闭城门，捉拿杨秀清剩余的党羽。在这半个多月里，天京城内，血雨腥风，近两万革命精英，一时被屠杀殆尽，惨不忍睹。