基于这种认识，包括李秉衡在内的山东几任巡抚对义和拳、大刀会等民间秘密结社进行镇压时，就远不如甲午战争之前清政府对待民间秘密结社那样严厉。如李秉衡在处理这些事件时，就采取了区别会与匪、首与从的关系，对不同成员采取了不同的镇压、安抚政策。对于那些不愿屈从的“悍匪”，李秉衡进行了残酷无情的镇压；对于那些并无政治主见的一般“会匪”，李秉衡则采取了较为温和的处理措施。一般说来，对于大规模武装抗拒者严行剿办，对为首者予以严厉查拿，但对一般会众，则晓谕其解散，既往不咎；对那些能够与官府合作，“但若能悔罪出会者，准其自新”。其结果，“在会者闻朝廷法外之恩，多能洗心革面；其顽梗抗拒者，又即迅速捕获悉与歼除。”
李秉衡这种区别对待处理民间秘密结社的方法收到了一定的效果，在某种程度上使民间秘密结社得到了一定程度的控制。这种方法既为他的继任者们所仿效，也是清廷在向外国宣战前对付山东、直隶一带义和团的一般方针。