孙中山宣言：直系诸将，应将所部半数，先行改为工兵，余则留待与全国军队同时以次改编，方能饬所部罢兵。未几，广西粤军回粤，围攻总统府。孙中山走上海。岁杪，滇、桂军在粤的及粤军的一部分讨陈。陈炯明再走惠州。十二年二月，孙中山乃再回广州，以大元帅的名义主持政务。
然滇、桂军并不肯进取东江，在广东方面的军事，遂成相持之局。此时北方各督军中，惟浙江卢永祥通电说，冯国璋代理的期限既满就是黎元洪法定的任期告终，不肯承认黎元洪之复职为合法。东三省则自奉、直战后，即由三省省议会公举张作霖为联省自治保安总司令，而以吉、黑两省督军为之副，不奉北京的命令。其余则悉集于直系旗帜之下。南方如陈炯明及四川省内的军人，亦多与之相结的。直系的势力，可谓如日中天。
而祸患即起于其本身。十二年六月间，北京军、警围总统府索饷，黎元洪走天津，旋走南方。至十月，曹锟遂以贿选为大总统，于十月就职。同时公布宪法。浙江宣布与北京断绝关系。云南及东三省皆通电讨曹，然亦未能出兵。
