14日，大批日军涌入城内，疯狂搜杀在街巷中的难民。
15日，日军将放下武器的中国军警人员3000余人，集体押至汉中门外，用机枪密集射杀后，将死者与未死者一起焚烧。
16日，日军把逃集于华桥招待所的中国难民5000余人，押至中山码头，排列成行，用机枪射杀，然后将尸体推入长江里。
18日，日军制造了最大的一起屠杀。这天夜里，日军将被困于幕府山的中国男女老幼共约5万人，全部驱赶到下关草鞋峡，用机枪密集射杀，再用刺刀乱戮，最后浇以煤油纵火焚烧，骸骨悉数投于江中。
据《东京日日新闻》记者铃木二郎记述：“我随同攻陷南京的日军一道进城，在城内呆了四天，目击日军无数暴行。”“从光华门北上，走向中山东路，在光华门马路两边，看到接连不断的散兵壕，都填满了烧得焦烂的尸体，马路中间横倒的许多木柱子的下面，压着的都是尸体，四肢断折飞散，不啻是一幅地狱图画。我还看到战车毫不留情地在尸体上碾过，听到车底履带辗转过去的声音，闻到尸臭和硝烟气味，感到简直堕入了刀山、油锅、血污池的十八层地狱。当时产生了一种错觉，认为自己就是地狱里面目狰狞的狱卒了。”“12月13日，在中山门附近城墙见到极其恐怖凄惨的大屠杀。俘虏们在25公尺宽的城墙上排成一列，许多日本兵端着插上刺刀的步枪，齐声大吼，向俘虏们的前胸或腹部刺去，他们一个接着一个被刺落到城外去了。只见飞溅的血雨喷向半空，阴森的气氛使人寒毛直竖，浑身战栗。……我站在那里，吓得目瞪口呆，不知所措。可是，在那残暴的场面中，却出现了一个难以理解的现象，令人永难忘记，那就是俘虏们在被刺杀时的态度和表情。他们站在死神面前，有人脸上浮泛着冷笑，有人若无其事地大笑，等待着死亡。”