对陈寿指责最多的是其名著《三国志》，主要有如下两个方面：一方面，论者讥其好曲笔而多回护。所谓曲笔、回护，说穿了，就是替封建统治者隐恶扬善。翻阅《三国志》，陈寿用曲笔之处确实很多，尤以《魏书》各纪为甚。明明曹操自领冀州牧，自为丞相，自称魏公、魏王，在陈寿的笔下，却变成汉天子以操领冀州牧，为丞相，为魏公、魏王，似乎完全出于汉帝的酬庸让德，而非曹操之攘夺。司马氏意在篡权夺位，却被写成齐王芳进司马懿为丞相；高贵乡公加司马师黄钺，加司马昭衮冕赤舄、八命九锡，封晋公，进位相国；陈留王封司马昭为晋王，以及禅位司马炎，似乎都出于曹魏诸帝心甘情愿。又如，明明齐王芳为司马师所废，魏太后一无所知，却被写成太后下令，极言齐王无道不孝，以见其当废；明明高贵乡公被司马昭所弑，书中却只书高贵乡公卒，年二十，绝不见被弑之迹，并载太后之令，言高贵乡公之当诛，欲以庶人礼葬之。凡此种种，其例甚多。然而，这只是表面现象，拨开其上的层层迷雾，人们便不难发现问题的本质。其实，陈寿叙事虽时有曲笔，但隐讳而不失实录。如《魏书·武帝纪》载建安元年（196年）曹操迎汉献帝都许事，不明写曹操的政治意图，是隐讳；而在《荀彧传》中却通过荀彧劝曹操迎献帝都许的一段话，明确点出曹操企图挟天子而令诸侯的政治野心。《武帝纪》又载曹操杀董承、杀伏后，却不说原因，也是隐讳；而在《蜀书·先主传》中便将事情的原因和内幕交代得很清楚，指出“献帝舅车骑将军董承辞受帝诏带中密诏，当诛曹公”。因事情败露而伏诛。又如魏文帝甄皇后之死，习凿齿《汉晋阳秋》载文帝宠郭皇后而赐甄后死，《魏书·文帝纪》不明言甄后暴亡，只书“立郭皇后”，这也是隐讳；而在同书《后妃传》中，则明写文帝践祚之后，“郭后，阴、李贵人并爱幸，（甄）后愈失意，有怨言，帝大怒，二年六月，遣使赐死，葬于邺”。此乃讳于纪，而犹载之于传。以上仅是几个典型例证，足见陈寿用心之良苦。再者，陈寿是晋臣，晋受魏禅，大体是当代人写当代史，其所受政治压力之大可想而知。在当时残酷的杀戮攘夺中，陈寿因刚直不阿而屡遭打击屈辱，又目睹许多不与司马氏合作的名士的悲惨下场，使他不能不考虑直笔如弦的严重后果，作史如不能有所回护，身家性命尚且不保，安有史书流传？清代学者赵翼一针见血地指出：“寿修书在晋时，故于魏、晋革易之处，不得不多所回护。而魏之承汉，与晋之承魏，一也；既欲为晋回护，不得不先为魏回护。”[31]明于此，就不宜对陈寿过于责难了。尽管如此，若从思想价值和学术价值而言，陈寿的《三国志》比起司马迁的《史记》来，是颇为逊色的。