朱元璋对自己的亲戚们也不放心。朱亮祖是宗室，在统一天下的战斗中立过很多功劳，但他一直横行霸道。在广东当官的时候，经常接受当地土豪的贿赂，打击报复为民做主的县令道同。道同向朱元璋上奏，揭发朱亮祖的罪行。朱亮祖早就得到了消息，恶人先告状，反过来控告道同目无法纪。朱元璋先接到朱亮祖的告状信，下令把道同就地正法。等使者派出去后，他才收到道同的奏章，恍然大悟，马上派人去赦免道同。结果晚了一步，道同在赦免书到来之前就被处死了。朱元璋非常生气，把朱亮祖和他的两个儿子抓了起来，活活鞭打至死。
胡惟庸案件过了几年后，又有人告发前丞相李善长当年和胡惟庸来往密切。李善长足智多谋，是开国文臣中的第一功臣，还和朱元璋是儿女亲家。当时他已经告老还乡，在他临走的时候，朱元璋赐给他铁券，承诺他日后犯罪的话，可以免死。但这个时候朱元璋已经忘记了当年的承诺，一翻脸把李善长全家70多口人全部杀掉了。然后又追查余党，杀了1万多人。
开国功臣徐达是朱元璋的童年伙伴，朱元璋的天下至少有一半都是他打下来的。但正因为他功劳大又很有才干，朱元璋才对他很不放心。徐达也知道朱元璋的想法，所以在他面前表现得非常谦虚谨慎，生怕触犯朱元璋。朱元璋抓不到徐达的把柄，也不好随便杀他。有一次徐达背上生了毒疮，医生告诫他不能吃鹅肉。朱元璋听说徐达生病，假惺惺地派人前去探望，还送去了一个锦盒给徐达。徐达揭开盖子一看，里面居然是一只蒸鹅！徐达何等聪明，马上就猜出了朱元璋的用意，流着眼泪把那只鹅吃了。不久，徐达病发身亡。但他已经很幸运了，他的家人都没有受到牵连，比李善长好多了。