何休认为《公羊传》的义例有五始、三科、九旨、七等、六辅、二类、七缺等。他对此的解释是：“五始者，元年、春、王、正月、公即位是也；七等者，州、国、氏、人、名、字、子是也；六辅者，公辅天子、卿辅公、大夫辅卿、士辅大夫、京师辅君、诸夏辅京师是也；二类者，人事与灾异也。”[33]这些过于繁琐的解析，确实可称得上是“非常异义可怪之论”。但所谓三科九旨，却是非常重要的创见。徐彦在《春秋公羊传疏》中引何休之言介绍：“三科九旨者：新周，故宋，以《春秋》当新王，此一科三旨也。又云：所见异辞，所闻异辞，所传闻异辞，二科六旨也。又，内其国而外诸夏，内诸夏而外夷狄。是三科九旨也。”三科九旨也可称作“通三统、张三世、异内外”，把握的都是《公羊》学的重大原则问题，何休把它们抽绎出来，又作了独到的解说。其中影响最大的是由此引发的三世递进的历史演化说和与此紧密结合的大一统思想。